Epidemiología genómica del dengue 2 y 3: introducciones y exportaciones de linajes en Colombia
DOI:
https://doi.org/10.14482/sun.01.813.445Palabras clave:
salud pública, epidemiología genómica, filogeografía, escape antigénico, arbovirus, enfermedades transmitidas por vectores.Resumen
Introducción: La dinámica espaciotemporal de los linajes del virus del dengue (DENV) en Colombia es un reto; la identificación de patrones de introducción, exportación y reemplazo de linajes, y su relación con la dinámica antigénica, es importante en las enfermedades transmisibles. El objetivo de este trabajo fue analizar la epidemiología genómica de DENV-2 y DENV-3 en Colombia y las Américas.
Métodos: Se realizó RT-qPCR y secuenciación mediante el protocolo DengueSeq en la plataforma MinION (Oxford Nanopore Technologies). Los sueros fueron recolectados entre 2023-2024 en Córdoba y Sucre. El análisis bioinformático y filogenético se realizó con iVar, Nextclade, IQ-tree, BEAST y Treetime. Se aplicó un modelo estadístico GLM Poisson para evaluar patrones de migración viral (Markov jumps) y el software MVSE para estimar la idoneidad vectorial a partir de datos meteorológicos. Se realizó la secuenciación de genomas de dengue y se integraron datos clínicos, climáticos y epidemiológicos para identificar linajes, rutas de transmisión y condiciones que favorecen la propagación del virus. La visualización genética se realizó mediante t-SNE, representando distancias entre secuencias en dos dimensiones.
Resultados: Se analizaron 11 443 secuencias completas del genoma de Colombia y las Américas para estudiar la epidemiología genómica de DENV-2 y DENV-3. La reconstrucción filogeográfica reveló múltiples introducciones y exportaciones independientes de los linajes cosmopolita y asiático-americano de DENV-2, así como del linaje DENV-3 III C.2.
Conclusiones: Resalta el papel fundamental de Colombia como fuente y parada del tráfico viral dentro de las Américas. El perfil antigénico demostró una agrupación distinta de linajes emergentes en el espacio antigénico, consistente con el recambio impulsado por el escape inmunológico. Los resultados evidencian la necesidad de una vigilancia genómica sistemática y de alta resolución para guiar las intervenciones de salud pública específicas y mitigar la transmisión del dengue en toda la región.
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