Data Exporter: Una herramienta complementaria para exportar datos obtenidos de simulaciones con NEURON/Data Exporter: A complementary tool to export data simulation from NEURON

Authors

  • Oscar Emilio Hernandez Bustos Universidad del Norte
  • Daladier Jabba Universidad del Norte
  • Fabian Muñoz

Keywords:

Data Exporter, Computational simulation tool, NEURON’s programming language hoc

Abstract

ResumenObjetivos: Desarrollar una herramienta computacional en ambiente lenguaje de programación hoc de NEURON y de fácil uso, que permita el rápido almacenamiento de los resultados obtenidos para su posterior análisis en otros software tales como Matlab or IgorPro.Materiales y métodos: Para el desarrollo de Data Exporter se escribió un algoritmo en lenguaje de programación hoc de NEURON. El algoritmo, escrito en un único archivo de texto, esta dividido en 13 bloques, de los cuales solo el primero debe ser modificado para adaptarlo a una geometría y biofísica neuronal particular y para determinar la ruta de almacenamiento de los datos.Resultados: Se desarrollo un software que simula la propagación de potenciales de acción a través de geometrías neuronales complejas. El uso de esta herramienta permite el almacenamiento de los resultados obtenidos, como potenciales y corrientes de membrana en diferentes puntos de toda la neurona, sin incremento significativo en el tiempo para el desarrollo de los procesos.Conclusiones: Data Exporter es un software que le da mayor flexibilidad a NEURON facilitando el acceso a nuevos neurocientíficos, los cuales pueden usarlo con solo conocer los códigos necesarios para el desarrollo de los archivos relacionados con las propiedades geométricas y biofísicas neuronales.
AbstractObjectives: To develop a computational simulation tool in NEURON’s programming language hoc to be easily usable, in order to save the results generated by the software and later be analyzed with other tools such as Matlab and IgorPRo.Materials and Methods: To develop Data Exporter an algorithm was implemented in the programming language hoc used in NEURON. This algorithm was written in a text file and divided in 13 segments or program blocks, in which only the first one can be modified in order to be adapted to a particular geometry and neural biophysics and to determine the necessary path for saving the data.Results: Software that simulates the propagation of potential actions by using neuronal complex geometries was developed. The use of this tool allows the storage of the obtained results, as potential and membrane currents in different points of the whole neuron, without significant increase in the time for the development of the processes.Conclusions: Data Exporter is software that offers greater flexibility to NEURON and facilitates access to new neuroscientists who can use it by only knowing the codes related to geometry and biophysical properties of the neuron.

Author Biography

Oscar Emilio Hernandez Bustos, Universidad del Norte

Licenciado en Matemáticas y Física Tecnólogo en Electrónica Industrial Especialista en Física General Magíster en Biofísica Médica

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Published

2013-08-27

How to Cite

Hernandez Bustos, O. E., Jabba, D., & Muñoz, F. (2013). Data Exporter: Una herramienta complementaria para exportar datos obtenidos de simulaciones con NEURON/Data Exporter: A complementary tool to export data simulation from NEURON. Salud Uninorte, 29(2). Retrieved from https://rcientificas.uninorte.edu.co/index.php/salud/article/view/5427

Issue

Vol. 29 No. 2 (2013): Mayo-Agosto

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