Diseño y evaluación in silico de miRNAs con potencial para inducir silenciamiento postranscripcional del gen Rep (ORF1) en circovirus porcino tipo 2 (PCV2)
DOI:
https://doi.org/10.14482/sun.01.512.216Keywords:
bioinformática, dinámica molecular, genómica viral, microRNA, silenciamiento, PCV2.Abstract
Introducción: El circovirus porcino tipo 2 (PCV2) es un virus desnudo con genoma ssDNA de 1.768 con alta variabilidad genética (1,2 x 10-3 sustituciones puntuales anuales) y diversidad de genotipos. El material genético de PCV2 tiene 11 marcos abiertos de lectura (ORF). Los ORF1 y ORF2 son regiones codificantes de transcritos principales. El gen Cap (ORF2) codifica la proteína de la cápside y es blanco de tratamientos contra PCV2. Esta región es de gran variabilidad, mientras que el gen Rep (ORF1) es el más conservado, siendo una secuencia óptima para estrategias de silenciamiento génico. A este virus se le atribuye un conjunto de enfermedades asociadas (PCVAD) en cerdos (Sus scrofa), con una tasa de letalidad del 80 %. El propósito de este trabajo fue diseñar y evaluar in silico secuencias de miRNAs dirigidas hacia Rep.
Métodos: Se buscó una región de alta conservación (percentil 1 % de Z-score, entropía de Shannon) mediante alineamientos múltiples generados con MUSCLE a partir de 4560 secuencias de NCBI-Virus, en Bioconda y Jupyter Lab con librerías de Biopython. Los haplotipos del género Circovirus se compararon para evaluar la dinámica evolutiva de PCV2 mediante análisis filogenético de máxima verosimilitud en MEGA 11. La evaluación de la estabilidad de los complejos miRNA/mRNA, AGO2/miRNA y AGO2/miRNA/mRNA se realizó con VMD, NAMD y GROMACS para el ajuste de topología, minimización y dinámica molecular.
Resultados: Se encontró que la región codificante de la subunidad ATPasa es la más conservada (>98 %), destacando el segmento 762 a 784 nt (Z-score < -1547) como blanco potencial. Se diseñaron 2 miRNAs dirigidos a este intervalo genómico, los cuales presentaron bajo porcentaje de cobertura respecto a mRNA endógenos (off-target) y alta estabilidad de unión para la región blanco de Rep-mRNA.
Conclusiones: La evaluación computacional de los candidatos indicó que son viables como una potencial estrategia de silenciamiento génico para PCV2.
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