Identificación de virus en cultivos de tomate de Colombia mediante Secuenciación de Nueva Generación (NGS)
DOI:
https://doi.org/10.14482/sun.01.512.232Palabras clave:
virus de plantas, secuenciación de nueva generación, fitopatología, bioinformática, Solanum lycopersicum.Resumen
Introducción: El cultivo de tomate es uno de los renglones agrícolas de mayor importancia para el mercado internacional hortofrutícola. En Colombia, este cultivo es afectado por un gran número de fitopatógenos, entre los que se destacan los virus, de los cuales se han reportado al menos 20 especies diferentes.
Métodos: En este trabajo se utilizó la metodología molecular de secuenciación de nueva generación (NGS) para evaluar el viroma del tomate, a partir de tejido foliar de las variedades chonto y cherry de diferentes departamentos. Para esto se realizó extracción de RNA total de un bulk de muestras de cada variedad y se procedió a la síntesis de librerías con el kit TruSeq stranded total RNA / Ribo-Zero. La secuenciación se realizó para reads pareados de 100 pb en la plataforma Illumina NovaSeqX. Los análisis bioinformáticos se realizaron utilizando diferentes herramientas, incluyendo Blast local, PVDP, Virfind y Viroscope.
Resultados: Se detectaron en la muestra de la variedad chonto la presencia putativa de al menos 10 virus de RNA de los géneros Crinivirus, Tombusvirus, Tobamovirus, Alphanecrovirus, Torradovirus, Amalgavirus, Carlavirus y de cuatro virus de DNA de los géneros Begomovirus y Badnavirus. Los genomas virales con mejores niveles de cobertura correspondieron a PYVV (Crinivirus), TBSV (Tombusvirus) y a un alphanecrovirus no identificado a nivel de especie. Para el caso de tomate cherry, se identificaron cinco virus putativos de RNA de los géneros Tobamovirus, Polerovirus y Tombusvirus, además de dos begomovirus, destacándose por su abundancia ToBRFV (Tobamovirus) y PeVYVs (Polerovirus).
Conclusiones: Con los ensamblajes de las secuencias obtenidas se obtendrán primers específicos para la validación por RT-PCR convencional y/o en tiempo real de la ocurrencia de los virus de RNA y por RCA/PCR de los virus de DNA. Se espera que este trabajo permita actualizar el conocimiento que actualmente se tiene del viroma de tomate en Colombia.
Publicado
Cómo citar
Número
Sección
Licencia
(COPIE Y PEGUE EL SIGUIENTE TEXTO EN UN ARCHIVO TIPO WORD CON TODOS LOS DATOS Y FIRMAS DE LOS AUTORES, ANEXE AL PRESENTE ENVIO JUNTO CON LOS DEMAS DOCUMENTOS)
AUTORIZACIÓN PARA REPRODUCCIÓN, USO, PUBLICACIÓN Y DIVULGACIÓN DE UNA OBRA LITERARIA, ARTISTICA O CIENTIFICA
NOMBRE DE AUTOR y/o AUTORES de la obra y/o artículo, mayor de edad, vecino de la ciudad de , identificado con cédula de ciudadanía/ pasaporte No. , expedida en , en uso de sus facultades físicas y mentales, parte que en adelante se denominará el AUTOR, suscribe la siguiente autorización con el fin de que se realice la reproducción, uso , comunicación y publicación de una obra, en los siguientes términos:
1. Que, independientemente de las reglamentaciones legales existentes en razón a la vinculación de las partes de este contrato, y cualquier clase de presunción legal existente, las partes acuerdan que el AUTOR autoriza de manera pura y simple a La UNIVERSIDAD DEL NORTE , con el fin de que se utilice el material denominado en la Revista
2. Que dicha autorización se hace con carácter exclusivo y recaerá en especial sobre los derechos de reproducción de la obra, por cualquier medio conocido o por conocerse, comunicación pública de la obra, a cualquier titulo y aun por fuera del ámbito académico, distribución y comercialización de la obra, directamente o con terceras personas, con fines comerciales o netamente educativos, transformación de la obra, a través del cambio de soporte físico, digitalización, traducciones, adaptaciones o cualquier otra forma de generar obras derivadas. No obstante lo anterior, la enunciación de las autorizaciones es meramente enunciativa y no descartan nuevas formas de explotación económica y editorial no descritas en este contrato por parte del AUTOR del artículo, a modo individual.
3. Declara que el artículo es original y que es de su creación exclusiva, no existiendo impedimento de ninguna naturaleza para la autorización que está haciendo, respondiendo además por cualquier acción de reivindicación, plagio u otra clase de reclamación que al respecto pudiera sobrevenir.
4. Que dicha autorización se hace a título gratuito.
5. Los derechos morales de autor sobre el artículo corresponden exclusivamente al AUTOR y en tal virtud, la UNIVERIDAD se obliga a reconocerlos expresamente y a respetarlos de manera rigurosa.
EL AUTOR
